Пустырник малый - двулетнее или многолетнее травянистое растение высотой 30-70 см, сероватое с красноватым оттенком в основании стеблей. Корневище деревянистое. Листья голые 4-5 см длиной и шириной, 5-рассеченные. Соцветие не длинное, со сближенными мутовками, чашечка 5-6 мм длиной, ширококонечная, красноватая или темно-зеленая. Нижние 2 зубца отогнуты, венчик бледно-фиолетовый, 8(10) мм длиной, верхняя губа негусто беловолосистая.

Цветет в июне-июле.

С лечебной целью используются трава (стебли, листья, цветки), листья, цветки.

Настой травы пустырника малого в эксперименте проявляет кратковременный сосудосуживающий эффект, экстракт и сумма алкалоидов обладают седативными и противосудорожными свойствами.

В народной медицине настой цветков, листьев используют при брюшном тифе, дизентерии, рвоте, поносе, как жаропонижающее; детоксикационное - при пищевых отравлениях.

В тибетской медицине настой и отвар травы применяют при интоксикациях и остром колите, а также в составе сложных сборов при гастрите и язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки.